东南妇幼医院是政府批准的以服务女性健康为特色的非营利性医院；福建唯一的“现代不孕不育研究所”就设在本院。此外，完全按照WHO人类不孕不育诊疗规范建立的生殖实验室也在东南妇幼医院成立，从而奠定了医院在不孕不育领域的主导地位。

医院内设无痛人流、生殖健康与不孕不育、妇科炎症、宫颈疾病、乳腺疾病、妇科肿瘤、妇科内分泌、温馨产科、健康体检等专科。安全、无痛、微创是东南妇幼医院医疗服务的一大特色。

医院先后获得“全国不孕不育十佳专科医院”、“全国百姓放心妇产医院示范单位”、“妇科万例手术安全无事故医院”、“福州意外怀孕女性保护行动指定手术单位”、“上海市妇女病康复专业委员会技术协作单位” 、“福建最值得信任专科医院”等荣誉称号。